センターの運営は、センター長、副センター長、教務主事、各学科教員5名及び事務部長で構成されるセンター運営委員会が行います。
校長を初めとする、総合科学科、機械工学科、電気電子工学科、制御情報工学科、物質工学科の全教員が、関連した専門分野を担当します。また、事務の取り扱いは企画室が担当します。
平成7年10月、産業界、県、市町村が連携して、庄内地域の発展に寄与することを目的として、「鶴岡工業高等専門学校地域協力教育研究センター振興会」(平成14年5月に「鶴岡工業高等専門学校技術振興会」と名称変更)を発足させました。センターの活動も支援していただいております。